Automobilska kompanija je 1936. godine bila na prvom mestu među domaćim proizvođačima automobila, a pozitivne reakcije stižu i iz drugih zemalja. Početkom Drugog svetskog rata i okupacije, proizvodnja se fokusira na potrebe Nemačke. Fabrika je bombardovana pred kraj rata.
Škoda zauzima drugo mesto na reliju Monte Karlo sa modelom Popular Sport, modelom kasnije poznatim kao Monte Karlo. Popular nastavlja da pobeđuje na trkama u Africi, Balkanu i Urugvaju. Asortiman modela je proširen i uključuje model srednje veličine Škoda Favaorit.
Škoda Popular 995 je lansirana. Ova „Škoda za ljude“ (na češkom „Škoda pro lid“) nosi nadimak „Liduška“, što je žensko ime koje odražava reč „lidovy“ („narodna“). Civilna proizvodnja je zaustavljena sa izbijanjem Drugog svetskog rata. Celu grupu sada kontroliše Reichsverke Hermann Goring AG.
Automobilska industrija prelazi na ratnu proizvodnju. Pored naoružanja, uglavnom proizvodi razne vrste dostavnih kola, vozila sa pogonom na sve točkove i teški traktor RSO.
Prvi modernizovani automobili Škoda Popular napuštaju oštećenu fabriku Mlada Boleslav. Državnu ekonomiju kontroliše socijalistički režim – u proleće 1945. dolazi do nacionalizacije velikih kompanija, uključujući Škoda Works u Plzenu i ASAP u Mladoj Boleslavi.